济南军区总医院前身是山东军区直属医院，1954年9月奉命与华东军区第二0陆军医院合编为“中国人民解放军第九0医院”。1956年2月，医院正式改组为“济南军区总医院”，隶属济南军区后勤部直接领导。之后随我军编制体制改革调整，其组织结构历经12次大的调整变化，不断前进发展，现已发展成集医、教、研、预防、保健于一体的现代化综合性“三甲医院”。
济南军区总医院干细胞中心是国内最早开展干细胞临床研究的机构。2004年开始探索干细胞临床应用，建立了高等级细胞生物实验室，设计了科学的干细胞综合治疗体系，使本中心成为前沿高新生物医学成果向临床治疗转化的平台。强大的实验室和临床专家阵容，领先国际的干细胞技术，先进的实验室硬件，也使本中心通过了相关领域权威专家的评审，获得上级卫生部的正式批准，是国内为数不多的获得正式批准的正规干细胞临床应用医疗机构之一。几年来，针对神经系统疾病、肝硬化、自身免疫疾病等疑难疾病而设计的干细胞治疗方案，已经成功治疗患者上千例次，总有效率达到90%以上。